O Ensino Fundamental Anos Iniciais no Colégio Batista Betesda, abrange do 1º ano ao 5º ano. Os anos iniciais do ensino fundamental, tem por objetivos: o desenvolvimento da capacidade de aprender tendo como meios básicos o pleno domínio da leitura, da escrita e do cálculo; a compreensão, a partir dos referenciais bíblicos, do ambiente natural e social, do sistema político, da tecnologia, das artes e dos valores baseados nos princípios bíblicos de governo em que se fundamenta uma sociedade. O Colégio Batista Betesda, valoriza o desenvolvimento da capacidade de aprendizagem, tendo em vista a aquisição de conhecimentos, habilidades, a formação de hábitos, atitudes e princípios cristãos, pois é nesta fase que as crianças estão vivendo mudanças importantes em seu processo de desenvolvimento que repercutem em suas relações consigo mesmas, com os outros e com o mundo.